真空是质谱仪器正常工作的基础，真空系统的维护是仪器日常维护的重要任务，但常常被忽略。一旦发生故障，轻者仪器达不到状态，尤其是灵敏度下降，重者仪器无法正常运行，所以定期维护是真空系统正常运行的重要保障。

前级真空系统常见故障有:电源未接通，吸附阱饱和，油太多或太少，漏油，前级管线太窄或堵塞，排气不畅，前级真空规工作不正常。如果前级泵工作正常、*而抽气效率低，前级压力太高，则可能柱流量太大或漏气。前级真空的维护包括定期观察油面，定期更换泵油，定期更换泵吸附阱等。

高真空常见故障主要是真空室压力高，达不到正常工作真空条件。原因多数是漏气、系统污染，脱气或载气流量太大。高真空扩散泵工作不正常可能是由于:油少了或污染了;加热器不正常，油温度不够不能充分气化或前级工作不正常。分子泵工作不正常是由于电源故障或前级工作不正常。高真空的维护同样需定期观察扩散泵油面、更换泵油，分子泵需经常检查泵的冷却系统(冷却水或风扇)。

此外，正确的开机、停机操作步骤，避免误操作，也是保证良好真空的必要条件。尽量维持真空系统连续运行，减少频繁停机可减少发生故障的频率。需要较长时间停机一定要按维护规程处理。一般GC/MS仪器的操作规程虽有真空系统的启动(pump) 和停机(vent) 步骤，以及真空检漏等内容，但没有各种真空泵的使用维护说明，这部分说明书由真空泵厂家提供，通常应和真空泵包装在一起。